土壤是病虫害的大本营，特别是君子兰的培养土中蕴藏着大量的细菌、病菌及虫卵等，给君子兰造成各种危害，所以在君子兰上盆前，要将培养土进行消毒处理。
1、君子兰培土炒晒消毒法
君子兰播种基质多用河沙或细木屑。河沙一般带菌较少。河沙经清洗后，放在烈日下经2～3天的暴晒，完全可以达到杀菌的目的。亦可将河沙放迸锅里翻炒杀菌，炒20分钟即可。
2、君子兰培土二硫化碳消毒法
将培养土堆积成长方形或馒头状，然后在土堆的上方穿透几个孔穴，每立方米的培养土用3、5克左右的二硫化碳，注入后在孔穴开口处用革秆或薄膜等盖严密。经过48～72小时，除去草盖，摊开土堆，使二硫化碳散失。
3、君子兰培土蒸煮消毒法
将已配制好的培养土放入适当的容器中，隔水在锅中蒸煮消毒。这种方法只限于小规模君子兰少量用土时应用。也可将蒸汽通入土壤消毒，要求蒸汽温度在100℃～120℃，消毒时间40～50分钟。这是最有效的消毒方法。
4、君子兰培土福尔马林消毒法
在每立方米的培养土中，均匀地洒上40%的福尔马林400～500毫升，然后把土堆积，上盖塑料薄膜，经过48小时，福尔马林化为气体，消毒即可完成。然后去掉薄膜翻动土壤，散去药味即可使用。
君子兰根怎么消毒
1、在发现君子兰有了烂根的症状后，要及时的将其整个植株脱盆而出，清理掉根系上的宿土，观察根系腐烂的情况。
2、用消过毒(火烧百、酒精等)的剪刀，将君子兰腐烂的根系修剪掉，然后用清水将根系冲洗干净，再放在阴凉通风的地方度晾干。
3、用稀释1000倍的高锰酸钾溶液浸泡根系30分钟，进行消毒处理，然后再度晾干。晾干后在伤口处涂问抹草木灰。
4、烂过根的土壤不要用了，换上新土(粗沙、水苔为宜)避免再次感染。而花盆要经过消毒处理才能再使用，也可以直接换一个新盆。
5、重新将君子兰栽种到准备好的盆土中，先放在阴凉通风的地方服盆，保持土壤微微湿润，一周后偶尔晒答晒早晚温和的阳光，大约1个月之后就能长出新的根系了。
