大棚栽培的芹菜为浅根系蔬菜，吸水能力弱，对土壤水分要求严格，因此适宜有机质丰富、保水保肥能力强的黏碱土或沙壤土。缺少有机质，在易漏水肥的沙土、沙壤土栽培芹菜易产生空心现象。
另外，芹菜对氮、磷、钾需求较大，生育初期和后期对氮需要量大，初期需磷较多，后期需钾较多。生育期缺氮易使细胞老化，导致叶柄产生空心现象。缺磷时会导致芹菜幼苗瘦弱，叶柄干老，叶片无光泽。
每生产50公斤芹菜需氮20克、磷7克、钾30克。另外，芹菜对硼需求量大，缺硼时植株易发生心腐病。
根据芹菜生育特点和需肥特性，施基肥应该在施足有机肥的基础上，每亩施硝酸磷钾肥15-20公斤。追肥应该在蹲苗后追一次肥，每亩追施硝酸磷肥20公斤，以后每隔20天冲施硝酸磷肥20公斤，收获前20天停止追肥。
