小麦腥黑穗病属系统侵染型病害，即苗期侵染，后期呈现症状，1年只侵染1次。种子带菌是传播的主要途径。小麦脱粒时，病粒破裂，孢子飞散粘附在种子表面越夏或越冬。从小麦播种后到发芽，当温度适宜时，孢子萌发，由叶鞘侵人并达生长点。以后病菌以菌丝的形态在植株体内随小麦的生长而生长，最后到达穗部侵入开始分化的幼穗，破坏穗部的正常发育。至抽穗时，在子房内的菌丝又形成黑色的厚垣孢子，充满上个麦粒。凡是能推迟小麦出苗和降低小麦抗逆性的所有因素，均能加重小麦腥黑穗病的发生。
病株较健株矮，分蘖增多，病穗较短且颜色较深，初为灰绿色，后为灰白色，颖壳和麦芒稍向外张开，露出部分病粒。病粒较健粒粗短，初为暗绿色，后呈浅灰色，外面包着一层灰白色膜，里面充满鱼腥味的黑粉。
防治方法:
1.搞好植物检疫不从病区调运种子。
2.农业措施选用饱满、高产、抗病品种，适时足墒下种，施足底肥，促苗早出土。3.药剂防治可选用50%多菌灵粉剂100克或70%甲基托布津粉剂50克，拌麦种50千克。每666.7平方米用70%敌克松粉剂400克，加干细土30千克混匀后与拌过药剂的种子混播。
