辣椒苗期灌根容易出现严重危害，这是因为：辣椒苗子根系弱，容易受害。刚定植上的苗期根系幼嫩，且尚未展开，这时的根系，就如植株上部的心叶，抗药能力差。很多菜农知道喷药时不要盖顶直接喷洒到心叶上，却没想到根系也有这个问题。一旦用药浓度过高，很容易造成全面的伤根，恢复困难。
因此，辣椒苗期灌根要注意以下几点：一是提前在定植前蘸盘或穴施药剂，简单方便。用药蘸过穴盘或穴施过药剂的苗子，定植半月内可不再灌根防病，给根系一个良好的生长环境，迅速缓苗。二是灌根选用的药剂要有针对性。要知道重点防治哪类病害，对症选用最适合的药剂，不要什么药都加，混配过多的农药。
辣椒根部病害危害严重，除灌根外，施用生物菌肥也可起到很好的预防作用。辣椒苗期施用生物菌肥效果良好，它可以增加了土壤中有益微生物的数量，抑制病原物的增殖；还能起到养根、促根的作用，提高了植株自身抗病能力，有利于植株健壮。可以在育苗土内添加或在苗床上喷洒微生物制剂，如苗宝等；在定植时，穴施生物菌肥，如大源落地生根、激968等。生物菌肥不可与杀菌剂一起使用，在未出现死棵之前，使用了生物菌肥的棚内没有必要再用药灌根。
