番茄在苗期进行花芽分化，因此秧苗素质的好坏，直接影响到以后的品质，熟期和产量的形成。采取以下措施可收到十分明显的效果。
一、配好育苗床土除种子发芽阶段是靠自身养分外，出苗后主要是从土壤中吸收养分，肥沃、疏松、无病虫草籽的床土是培育壮苗的基本条件。床土大致的比例为：壤土50-70%、发酵好农肥10-20%、马粪、陈炉灰等20-30%，复合肥0.2%-0.3%。
二、化学调控种子发芽出土至吐真叶这一阶段，秧苗极易徒长，在子叶期及时喷施多效唑等抑制剂，可有效的控制徒长，增加茎粗和叶厚，同时可提高叶绿素含量，增强光合作用，为花芽分化积累营养物质。
三、采取二次分苗番茄子叶的大小直接影响第一花序分化的早晚，而第2-3片真叶的大小影响到花芽的数量和质量。因此，适当稀播，扩大苗距，培育肥厚深绿的子叶和较大的2-3片真叶，是培育壮苗不可忽视的基础。当番茄苗只有2片真叶时及时分第一次苗，苗距3×3厘米，这次分苗有利于控制徒长，促生侧根，改善通风透光条件。
四、分苗后及时灌药液早春育苗地温和气温均较低，且光照弱，极易发生苗期病害。每次分苗后可用甲托或多菌灵药液浇一次，既可消灭地上植株的病菌，也可起土壤消毒作用，防止苗期病害的发生。
五、地面铺膜秧苗生长后期，根系会从钵下的孔中扎入地下，造成徒长或高矮不齐现象。钵下铺膜后，可防止根系扎入地下，有利于合理浇水调控秧苗的长势。
六、控制好温度番茄苗期生长的适温为白天20-25℃，夜间10-15℃，长期低于10℃以下，是形成畸形果的主要原因，应特别注意。
七、叶面喷肥先浇水叶面施肥应于前一天浇一次水，因浇水后秧苗的叶片舒展，植株代谢活跃，吸收能力强，有利于叶肥的吸收和利用。
