土壤消毒包括化学消毒和物理消毒2种方法。其中化学药剂(例如氰氨化钙)消毒和采用夏季太阳能高温闷棚物理消毒等方法，在番茄生产中得到了大量应用。具体措施如下。
(1)氰氨化钙消毒用氰氨化钙消毒的方法为前茬蔬菜拔秧前5～7天浇1遍水，待土壤不黏时拔秧，拔秧后立即将30～60千克/亩(60～80千克/亩可防治根结线虫)的氰氨化钙均匀撒施在土壤表层，旋耕土壤，使氰氨化钙与土壤表层10厘米混合均匀，再浇1次水，覆盖地膜，高温闷棚7～15天，然后揭去地膜，放风7～10天，定植前可用生菜籽检验是否能正常出苗，若能出苗则即可定植。此外，旋耕土壤前也可将未完全腐熟的农家肥或农作物碎秸秆如麦秸、麦壳(麸)、稻草(糠)、玉米秸等均匀地撒在土壤表面。
(2)夏季太阳能高温闷棚物理消毒利用夏季休闲季节强光和薄膜覆盖密闭棚室，高温杀死病菌和虫卵。在晴天的上午将棚室密闭，浇水后闷棚，棚内的温度最高可达到70℃以上，可有效地杀死棚内残存的病菌和虫源等。闷棚时间一般掌握在15～20天，1个月效果更好。
