清棚消毒将棚内的食用菌生产废袋全部清除出棚，打扫干净。因为食用菌生产后的废料容易滋生杂菌，导致棚内病原孢子量增大，所以要清除彻底。
药剂消毒在使用药剂对菇棚进行杀菌时，菇农可选择硫磺、甲醛-高锰酸钾、二氯异氰尿酸钠等熏蒸杀菌。在这三者之中，硫磺燃烧后产生的二氧化硫能够起到杀菌杀虫的双重效果，但是在使用时产生的二氧化硫也容易与空气中的水蒸气反应，形成亚硫酸，腐蚀菇棚内的钢丝等。在使用甲醛-高锰酸钾消毒时，则要注意先倒粉剂后倒水剂，即先将高锰酸钾倒入容器中，然后再将甲醛倒在高锰酸钾上，切勿颠倒使用顺序，甲醛与高锰酸钾反应剧烈，要防止药液溅到身上。使用二氯异氰尿酸钠方法最为简单，只要按照每立方米空间3克的使用量，在棚内按照每667平方米设置15～25个点，将药剂点燃使用即可。当然有条件的菇农最好先将菇棚上部的棚膜撤掉，利用太阳光中的紫外线杀菌，然后在食用菌种植之前，再使用药剂消毒。
通风排气当菇棚杀菌消毒完成后，菇农还要注意及时进行通风，将棚室内的有毒气体排出棚外，防止以后食用菌生产时，有毒气体影响食用菌的生长。
