一般认为年降雨量在1500~2000毫米之间且分布均匀的条件下百香果生长最好，商品性发展种植地区的年降雨量不宜少于1000毫米。缺水会减少节的数量和节间长度，从而减少了全蔓的伸展长度，开花数量减少，产量不高。缺水百香果茎干变细，卷须变短，叶片、花朵变小，侧根较少，叶片褪色，新生腋梢死亡，叶片边缘和顶端出现坏死。缺水还会引起百香果植株内磷、钙、锰、铁、锌和钼的含量下降，影响百香果的养分吸收和新陈代谢，从而影响植株正常生长发育。
如水分过多（如浸水），湿度大，容易引起病害，如茎基腐病等。百香果实生苗根部浸水4~6天后，地上部生长受抑制，造成叶柄上偏生长，叶片老化、落叶，茎基部肿大、松裂，生出点状白色松软组织，并长出不定根。夏季高温期浸水其伤害尤重，而冬季浸水其症状较轻。因此百香果应种在排灌良好的地方。
