在于果实的外形、果实的口感、果实的产地和市场销售等。圣女果果形稍长且有多种颜色，味道偏酸，本身是番茄的亚种，而千禧果果形短圆，颜色深红，味道酸甜爽口，是圣女果的亚种，价格稍高。
千禧果与圣女果的区别
1、果实外形
千禧果和圣女果的果实外形有一定的差异，千禧果的果实外形呈现出近似于球状，比较短圆，且颜色一般只有深红色一种，个头也很小，而圣女果个头要大一倍，且颜色多种多样，呈现出近似于长圆形或是椭圆形的外形。
2、果实口感
这两种不同的水果的食用口感也是有着比较明显的差异的，圣女果的口感更偏向于酸味，虽然并不浓重，但是同样甜味也不算明显，而千禧果的酸味很淡，更多的是甜味，糖分很足，且整体水分多，口感清爽酸甜可口。
3、果实产地
千禧果和圣女果的产地也是有着比较明显区别的。千禧果原产在中国台湾，但经过了改良之后，在大部分的温带地区都是可以进行栽种的，且几乎全年出产，而千禧果是一种新改良的品种，一般只在沿海热带地区有栽种。
4、市场销售
千禧果和圣女果在市场上的销售量和价格的区别其实是最为明显的，圣女果是一种番茄的亚种水果，价格并不是特别的昂贵，产量也比较大，到处都有出售，而千禧果属于圣女果的新亚种，价格昂贵且不容易购买到。
