首先，根部提前治虫。重点防治葱蝇和迟眼蕈蚊(又叫韭蛆)，这两种害虫钻入韭菜鳞茎里蛀食，使得鳞茎被蛀食成空洞，易引起根部腐烂、叶片枯黄，严重的干枯致死。防治时每亩用5%辛硫磷颗粒剂2公斤拌细土撒于韭菜根附近再覆土进行防治。若有幼虫为害，发现叶尖开始发黄变软向地面倒伏，可灌药防治，可用75%辛硫磷乳油500倍液，扒开根际表土，对根喷灌。
其次，叶部重点防疫病和灰霉病。韭菜感染疫病后，受害部位均出现水渍状，叶片与花薹病部为深绿色，而根与鳞茎则为淡褐色，病部均无明显边缘。发生疫病后，要及时降湿，在发病初期可用58%甲霜灵锰锌500倍液或40%乙膦铝200～300倍液喷雾防治，7～10天喷1次。韭菜发生灰霉病时，叶片正面和背面产生白色或淡褐色花斑，随着病情的发展，病斑扩大成梭形或椭圆形，最后病斑连成片，病叶干枯。防治上除排水降湿外，可用50%速克灵1000～1500倍液喷雾，10天左右再喷1次。
