一、菌丝萎缩
一般情况下，草菇播种后12小时左右菌种块就开始萌发，并不断向料内生长。如果播种后24小时菌丝仍未萌发或仍不向料内生长，就可能是发生了菌丝萎缩。
菌丝萎缩的原因：
①高温烧菌。当培养料内的温度长时间超过45℃时，就会使菌丝萎缩死亡。
②影响。草菇对农药十分敏感，播种后，有的菇农为了防病杀虫会喷洒农药，致使菌丝因药害而萎缩。
③缺氧窒息。培养料含水量过高（超过70%）或塑料薄膜覆盖过严，使草菇菌丝因缺氧窒息而萎缩。
④氨气危害。培养料内的尿素添加过量或田内化肥含量过高，挥发出来的氨气散发不了，对草菇菌丝造成危害。
⑤菌种低劣。菌种的菌龄太短或太长，生活力弱，抗逆性差，在环境条件不适宜的情况下发生萎缩。
⑥温差过大。草菇的菌丝对温差较敏感，如白天气温在32℃以上，夜间温度在28℃以下，喷水后即会发生菌丝萎缩。
⑦发生虫害。培养料中出现害虫，由于害虫的咬食，致使菌丝萎缩。
菌丝萎缩的预防：草菇的生长周期短，发现菌丝萎缩时，应及时找出原因，采取有效措施，并补种新种，以减少不必要的损失。具体措施有：
①防止温度过高。露地阳畦栽培时，搭简易的遮阳棚，防止中午高温时烧坏菌丝。堆制培养料的过程中，料温达到75℃左右时，翻堆两次。进床时铺料的厚度视季节而定，早春及晚秋温室栽培时铺料宜厚一些。
②不用农药。防治病虫要在处理原料时就办妥，播种后不能再向料面施药。
③水分要适当。播种时培养料的含水量62%左右，以用手紧握料有1～2滴水珠从指缝中渗出为度。在培养料水分及气温偏高的情况下，应将覆盖在料面上的薄膜撑起些，以利通气。
④预防氨害。尿素的添加量不能超过0.2%，而且要在堆料时加入。
⑤选用优质菌种。草菇菌种以菌龄在15～20天，菌丝分布均匀，生长旺盛整齐，菌丝灰白有光泽，有红褐色厚垣孢子，无杂菌、无虫螨为好。菌龄超过1个月的菌种不宜使用。
⑥依温度用水。培养料的调水，要根据当时的气温灵活掌握，喷水的水温要与气温基本一致。
⑦搞好环境卫生，注意防虫。栽培场地要远离畜禽圈舍，材料要干净无霉变，用前暴晒2～3天。菇房彻底消毒，以杜绝虫源。
二、菌丝徒长
在发菌阶段，当料面出现大量白色绒毛状气生菌丝时即为菌丝徒长。菌丝徒长后，不能及时转入生殖生长，现蕾推迟，成菇少，产量低。
菌丝徒长原因多由于通气不良致使料床内温度高、湿度大、二氧化碳浓度高，刺激了菌丝徒长。
菌丝徒长的预防料面覆盖塑料薄膜，2～3天后根据菌丝生长情况，白天定期揭膜，以适当通气和降温、降湿，促使草菇菌丝往料内生长。
