要防治荷兰黄瓜的主要病虫害，首先就要选择抗病的品种，大棚四周及天窗装置防虫网，棚中放食蚜瘿蚊或黄板。要清洁田园，合理通风，培育壮苗。
在黄瓜生长期间，通过温度、湿度和水分的科学管理，创造一个适于黄瓜生长，而不利于病害发生发展的环境条件，从而可以在不用或少用化学农药的情况下，通过控制生态环境来达到减轻病害的目的。平时对大棚的管理原则是：当温度适合病害发生发展时，通过人为控制湿度，使其不适宜病害发生发展，当湿度适于病害发生时，再控制温度，使其不利于病害发生。
荷兰黄瓜的主要病害有猝倒病、霜霉病、白粉病、细菌性角斑病、病毒病等，主要虫害有蚜虫、瓜绢螟、潜叶蝇等。
