目前我国因同一地区作物品种单一造成的连茬现象，作物生长不良、病害加重、品质下降及产量降低甚至绝收问题日益严重，追究其原因，主要是土壤生物退化导致的。微生物肥料是解救当前土壤的一剂良药。下面一起具体来了解一下：。
1、有效期
目前我国微生物肥料有效菌存活时间超过1年的不多，所以选购的微生物肥料要尽快使用，如果存放时间过长，其菌种的休眠状态就可能被破坏。
2、温度
施用菌肥的最佳温度是25～37℃，低于5℃或高于45℃，施用效果较差。高温、低温、干旱条件下的农作物田块不宜施用生物菌肥。固氮菌肥最适土壤含水量为60％～70％。
3、地点
对含硫量高的土壤和锈水田，不宜施用生物菌肥，因为硫能杀死生物菌。对于翻浆的水田，一般不用撒施，用喷雾的方法效果较好。
4、菌数
有效活菌数达不到标准的微生物肥料不能购买。国家规定微生物菌剂有效活菌数≥2亿个/克（颗粒1亿个/克），复合微生物肥料和生物有机肥有效活菌数≥2000万个/克。如果达不到这一标准，说明产品质量不达标。
5、施用时期
生物菌肥不是速效肥，因此在作物的营养临界期和需肥高峰期前7～10天施用，效果最佳。
6、混合
应注意，不要将菌肥与杀菌剂、杀虫剂、除草剂和含硫的化肥（如硫酸钾等）以及稻草灰混合施用，因为这些药、肥很容易杀死生物菌。或者先施菌肥，隔48小时后，再打药除草。若拌种，切忌和已拌好杀菌剂的种子混合施用。另外，还应防止与未腐熟的农家肥混用。
7、用量
对于已多年施用化肥的田块，施用生物菌肥时不能大量减少化肥和有机肥的施用量，因农作物对化肥产生了依赖性，用生物菌肥取代氮肥不能很快适应。因此，其取代量应做到第一、第二、第三年分别取代30％、40％和60％，磷、钾肥只能补足，不能减少。
据了解，目前我国具有生物退化障碍的耕地约1亿亩，仅西北地区就达5000万亩以上。土壤生物退化已经对我国的农业和粮食作物生产造成了严重的威胁。土壤生物退化其原因就是由于连续种植的作物及土壤微生物引起的土壤生物退化。同时，由于我国农业生产中存在着化肥使用过量问题，不符合农业发展需求，因此一种新的替代肥料的出现，迫在眉睫。
微生物的独特功能
微生物肥料既能活化土壤，提升肥效，又能保障农产品质量安全，是农业可持续发展不可缺失的投入品。微生物肥料功能多样，能够充当分解者(秸秆分解、土壤有毒有害物质降解)、转化者(磷、钾、钙、镁等养分的有效形态转化)、生产者(生物固氮、产生各种促生物质)等。
微生物菌剂种类
我国的微生物肥料使用的菌种达150多种，有机物料腐熟菌剂、土壤修复菌剂(重茬、农药解毒、除草剂降解等)等功能菌剂、根瘤菌剂和溶磷菌剂、新型的复合微生物肥料、生物有机肥等6大类产品是登记的热门产品。
注意事项：
一、选择质量合格，过期不能用。菌肥必须保存在低温（最适温度4～10℃）、阴凉、通风、避光处，以免失效。有的菌种需要特定的温度范围，如哈茨木霉菌需要保存在2-8℃的恒温箱内，有效期为一年，而一些芽孢杆菌要根据生产质量高低，主要是看芽孢化水平，芽孢化高的能保存一年半甚至更久，芽孢化不好的达不到半年就失效，所以菜农应谨慎选择菌肥产品。
不可以贪图便宜选择过期产品，这样的生物菌含量很少，失去功效，一般超过两年的生物菌肥要慎重选择。
二、根据菌种特性，选择使用方法。
建议大家在使用生物菌肥的时候，基施可用方法有：撒施、沟施、穴施，也可以撒施一部分，剩余部分可以穴施效果更佳。
不建议冲施生物菌肥，这样效果不佳，但是可以灌根，主要针对液体生物菌肥。
三、尽量减少微生物死亡。
施用过程中应避免阳光直射；蘸根时加水要适量，使根系完全吸附。蘸根后要及时定植、覆土，且不可与农药、化肥混合施用，特别是现在很多菜农为防治根茎部病害，使用农药灌根，如多菌灵、恶霉灵、硫酸铜等药剂，真菌、细菌都能防治，但对菌肥中的有益菌也有杀灭作用，所以建议使用菌肥后不要再用农药灌根。
四、为生物菌提供良好的繁殖环境。
菌肥中的菌种只有经过大量繁殖，在土壤中形成规模后才能有效体现出菌肥的功能，为了让菌种尽快繁殖，就要给其提供合适的环境。
1、适宜的PH值。一般菌肥在酸性土壤中直接施用效果较差，如硅酸盐细菌需要在PH7-8土壤中生存，所以要配合施用石灰、草木灰等，以加强微生物的活动。
2、微生物生长需要足够的水分，但水分过多又会造成通气不良，影响好气性微生物的活动，因此必须注意及时排灌，以保持土壤中适量的水分。
3、生物肥料中的微生物大多是好气性的，如根瘤菌、自生固氮菌、磷细菌等。因此，施用菌肥必须配合改良土壤和合理耕作，以保持土壤疏松、通气良好。
