海藻含有大量植物必需营养元素，还含有细胞分裂素、植物生长激素等促进生长的生物活性物质。科学应用海藻肥，可起到促进作物养分吸收、改良土壤结构、增强作物抗逆性、改善作物品质、延长水果保存期、促进种子萌发、提高肥效和减少病虫害等作用。
海藻肥之所以有如此良效，是因为其对作物—土壤—肥料系统具有综合调控作用，即通过刺激作物生长、调节土壤和提高肥效等途径提高产量和改善品质。
调控作物由于生长在海洋环境中，海藻含有大量陆地植物不可比拟的特殊成分。这些生理活性物质具有提高种子发芽率和幼苗活力、提高根系活力、提高坐果率、促进养分吸收和利用、增强作物抗逆境能力等作用。海藻酸可以降低水的表面张力，在植物表面形成一层薄膜，增大接触面积，使水溶性物质容易透过茎叶表面细胞膜进入植物细胞，植物能有效吸收海藻提取液中的营养成分。海藻多糖及低聚糖、甘露醇、酚类多聚化合物、甜菜碱、海藻酸及天然抗生素等物质，具有显著的抑菌抗病毒、驱虫效果，增强作物抗寒、抗旱、抗病、抗倒伏、抗盐碱能力，对疫病、病毒病、炭疽病、霜霉病、灰霉病、白粉病病、枯萎病等能够产生较强抗性。
调控土壤，一可直接增加土壤有机质，激活各种有益微生物，改善土壤微生态环境，培肥地力；二可促进土壤团粒结构形成，改善土壤内部孔隙空间，增加土壤透气性，协调土壤中肥、水、气、温比例，恢复由于土壤负担过重和污染而失去的天然胶质平衡，有效调节土壤酸化、盐化、板结危害；三可补充和活化土壤的中微量元素，缓解缺素症状，为作物生长创造良好根际环境。
调控肥料一是氮的缓释作用。海藻肥与尿素共混后发生相互作用，可延缓尿素在土壤中的释放和转化进程，使氮肥具有长效性。发酵海藻液具有良好的抑制土壤脲酶活性的效果，对土壤脲酶活性的抑制率达25%以上，可减少氮肥挥发。二是磷的防固定作用，增强移动性。海藻中有机成分不但可与土壤的钙、镁、锌等中微量元素结合，减少磷肥在土壤中的固定，而且具有吸水膨胀性，可将磷肥分解为许多微粒，快速提高比表面积，水溶速度较常规磷肥提高5~20倍，增强磷在土壤中的移动性，使作物水—肥—根在时间和空间上实现高度耦合，大幅提高肥料效率。
