水稻产生黑根是一种比较普遍的现象，各种土壤条件、施肥水平、气候条件都会发生程度不同的黑根现象。黑根率较轻的在10~20%，严重的达50%以上，一般是20~40%。
黑根发生的时期不限，整个生育过程都可能发生。早稻插秧后如气温低，返青慢，黑根就多。在正常情况下，黑根现象在分蘖末期以后开始出现，如肥水条件不适，孕穗期至抽穗扬花期会大量出现黑根。
水稻黑根发生的部位表现为嫩根少，老根多；生长粗壮的黑根少，生长细弱的则易变为黑根；对同一条根而言，以接近发根节基部的部分变黑的多，远离发根节的根末端部分变黑的少。总体来看，黑根通常是发生于活力小的老根、纤弱根或一条根的基部，活力强、健壮的嫩根或根尖端较少变为黑根。
黑根是否产生与土壤还原性有毒物质的数量以及根向外扩散氧气的能力有关，因此凡是影响硫化氢等毒物形成和根系氧化力的条件都会引起黑根。
第一，地下水位高，长期浸水缺氧，还原作用强烈，有机肥和无机肥在嫌气状态下产生大量硫化氢等还原性物质毒害稻根。
第二，大量施用末腐熟的有机肥料，长期淹水缺氧下分解不完全，产生大量还原性的中间产物，使稻根受害严重。
第三，过量施用硫酸铵，硫酸根在硫酸还原细菌的作用下形成硫化氢等硫化物，稻根中毒。
第四，土壤质地粘重，通透性不良，硫化氢扩散差，导致黑根增多。
第五，植株生长不良，如插秧过深，根部周围还原性较强；病株的光合作用不正常，对根部输送的氧气和糖分都减少，根部氧化力低，氧化有毒物质的能力就降低，等等，都易产生黑根。
防治黑根产生的途径主要是下列几个方面：
第一，晒田是最基本的办法，可以增加土壤通气，降低土壤的还原作用。
第二，整治排灌系统，降低地下水位，排灌分家，是解决低洼地区水稻黑根的根本方法。
第三，合理施肥，有机肥要加工腐熟，避免施用过量的硫酸盐肥料，也可使用叶面肥。
第四，土壤酸性过大的稻田可施用石灰或钙镁磷肥，以中和土壤酸度，创造局部的暂时的弱碱性环境，减少硫化氢的积累。
第五，改土，对粘重土、反酸田等，按照不同情况综合治理。
