大棚温室在播种前进行严格消毒，可以有效地减少病虫害发生。消毒方法有以下三种：
高温消毒：在高温时期扣上棚膜，将棚内各处封严，使棚内温度升高到40-50℃甚至更高，利用高温杀死病原菌，钝化病毒。如错过高温时期，也可以用火炉加温进行高温消毒。
撒泼农药：一般400平方米的棚室用70%敌克松和65%代森锌各1.2公斤与40公斤的湿土拌匀撒于地面，或将两种农药配制成300倍液泼洒土壤表面后深翻，有蝼蛄和地老虎危害的棚室，可再用90%敌百虫0.3公斤拌炒香的麦麸1公斤制成毒饵，撒于地面诱杀。
石灰乳刷白：用优质生石灰浸泡制成乳，刷白棚室内的山墙和后墙，可有效杀灭藏匿在墙体上的病菌。
