日光温室是一种节能型园艺设施，可以在寒冷地区不加温的条件下进行园艺作物生产，具有节能、环保、建造与运行成本相对较低等优点，在我国北方地区得到大规模的推广应用。生产实践中越来越多的农户发现尽管日常的农艺管理措施没有变化，然而新建的日光温室往往在种植三至五年后，温室内的作物长势开始逐渐变差、病虫害逐渐增多，产量也大幅下降。导致这一现象产生的原因主要有两方面：一方面是随着日光温室内使用年限的增加，温室内的病原菌与害虫虫卵也在逐步积累；另外一方面由于日光温室是一个半封闭的环境，自然降雨无法进入室内，土壤中多余的盐离子得不到淋溶，导致室内土壤理化性质逐步恶化，土壤中的有害生物也逐步积累，导致土壤连作障碍。病虫害的防治应该以预防为主的原则进行，常用的防治措施有物理隔离、生物防治、臭氧防治等。日光温室属于半封闭设施，温室的前屋面存有顶通风口与地通风口两个与外界相同的位置，为了避免外界害虫进入棚内，可以选用30~50目的防虫网进行隔离；同时缓冲间与温室连接的入口也应加挂防虫网。针对温室内白粉虱、蚜虫、蓟马等常见害虫，可以于作物定植后释放丽蚜小蜂、捕食螨、瓢虫等天敌进行生物防治。臭氧不仅具有光谱高效的杀菌功能，对烟粉虱、南美斑潜蝇等害虫也具有较好的防治效果。
土壤连作障碍的治理措施主要有轮作、间作、高温闷棚、药剂熏蒸、清水洗盐、客土、无土栽培等。轮作及间作不同科属的作物可以减缓连作障碍的发生。对于发生连作障碍的温室可采用高温闷棚及药剂熏蒸的方法杀灭土壤害虫及病菌。高温闷棚一般在夏季晴好天气的换茬期间进行，实施前应将温室内清理干净，棚内灌水，封闭所有通风口后闷棚一周左右，可有效杀灭土壤中的虫卵与病原菌。秋冬寒冷季节换茬前可封闭温室，采用石灰氮等药剂进行熏蒸消毒。采用药剂熏蒸法应注意熏蒸后对温室进行充分通风换气后再进行耕种，有条件的地区可以增施土壤有益菌。清水洗盐是通过多次向温室内灌入大量清水，将土壤中的盐分溶解后排放至室外来降低土壤电导率。
对于以上方法仍然不能缓解的温室，可采用客土法更换温室内耕作层的土壤；对于有条件的地区，还可以采用无土栽培的方法。
