辣椒苗期病害主要有猝倒病、立枯病、疫病等。
(1)猝倒病
症状：在幼苗子叶期，幼茎基部呈水渍状病斑，继而病部变褐色，逐渐缢缩成线状，后猝然倒伏。高温高湿时，病苗附近有许多白色絮状霉。病害发展很快，开始时只见个别幼苗发病，几天后即以此为中心，向外迅速蔓延，后引起成片幼苗猝倒。
(2)立枯病
症状：该病在幼苗刚出土到咸株基部已形成本质部对均能为害，但一般多发生在幼苗的中后期。受害部位为害幼苗的根茎部，患病幼苗茎基部产生椭圆形暗褐色病斑；继而失水；变为黑褐色早期病苗白天萎蔫，夜间恢复，但随着病斑扩大，绕茎一周，受害部位缢缩干枯，后植株死亡。在病部常产生淡褐色蛛丝网状霉；但不显著。病株叶片多变为淡绿，后变黄，后枯死脱落。此病由于多发生在幼苗木栓化以后，死而不倒，故名立枯病。
