芥菜的主要虫害有黄条跳甲、蚜虫、菜螟等。
1、黄条跳甲：俗称地蹦子、菜跳蚤，幼虫俗称白蛆。成虫、幼虫都可危害，以成虫在幼苗期为害重，常咬坏刚出土幼苗的生长点，造成严重缺苗，甚至毁种。幼虫为害根部，虫量大时，也可造成地下部腐烂、地上部萎蔫。
主要防治方法有：清除田间及周围杂草；被危害植株根部及周围洒石灰或淋石灰水或施氨水（切忌氨水量大造成肥害），既有肥效，又可杀虫；药剂防治：可用晶体敌百虫喷于根周，杀虫效果良好；或用敌敌畏喷面都有较好效果。在采收前7-10天停止使用农药。
2、蚜虫：有利于菜蚜病害发生的是16～25℃温度下的清凉干爽天气。蚜虫繁殖速率很高，每年可发生40余代，条件适宜4～5d便完成一个世代。菜农如疏忽大意或者未及时防范，则菜蚜容易传播病毒病而造成芥菜减产失收。蚜虫防治的难点在于虫体小，早期不易发现，并且对不少药剂都产生了抗药性。选用药剂和喷洒不当都难以达到好的效果。
主要防治方法有：如蚜虱绝（25%乳油）、吡虫啉（10%可湿性粉）、蓟蚜净（15%乳油）、莫比朗（3%乳油）、克蚜宝（19%乳油）等。
3、菜螟：又名菜心野螟、钻心虫、剜心虫。幼虫是钻蛀性害虫，危害蔬菜幼苗期心叶及叶片，受害苗因生长被破坏而停止生长或萎蔫死亡，造成缺苗断垄。翌春越冬幼虫入土6～10cm做茧化蛹。成虫卵多散产于菜苗嫩叶上。初孵幼虫潜叶危害。此虫喜高温低湿环境。
主要防治方法有：（1）农业防治：一是耕翻土地，减少虫源；二是调整播种期，使菜苗3～5片真叶期与菜螟盛发期错开；三是适当灌水，既可抑制害虫，又能促进菜苗生长。（2）药剂防治：成虫盛发期和幼虫孵化期，用1.8%害极灭乳油、5%菜喜悬浮剂喷雾。
