由于太子参长期的营养繁殖，体内浸染并积累了多种病原体，从而导致太子参种质资源退化，产量下降，品质降低。由于病原体的发生，每年平均减产30～40％，同时，品质下降。为了提高产量和品质，在生产上一般以防为主，综合防治，采用种前对种根消毒和选用无病原体种苗，同时加强肥水管理，增施p、k肥，避免偏施n肥，以增强其抗性。
目前获得无病原体种苗的方法有茎尖培养、热处理结合茎尖培养、病原体抑制剂与茎尖培养相结合和种子繁殖等，用种子繁殖是太子参病原体病防治的最经济和最有效的方法。当然，脱病苗毕竟只能使植株暂时脱病，而不是免疫品种，不具备抵抗病再次浸染的能力，如果不采取综合防治措施，仍然会感染病原体，造成减产。
随着现代生物技术的发展，人们正在探索运用分子生物学技术或其它新技术选育太子参抗病原体品种，如山东省文登选育的抗病1号新品种，花叶病发病率平均只有2％，产量比对照增产40～50％。另外，在生产上采用轮作，如与小麦、旱稻等农作物进行轮作，可以减少病害的发生。
