树菠萝在果实接近成熟期发生蒂腐病、软腐病、果腐病、酸腐病等都会造成果实溃烂。如果病部初为针头状褐色小点，以后扩大为圆形，中央深褐色，周围灰褐色呈水渍状腐烂密生白色黏质物，则为蒂腐病。如果发病部位呈褐色水渍状软腐，随后在病部表面迅速产生浓密的白色绵毛状物，中央产生灰黑色霉状物，病部变软，果肉组织溃烂的，为软腐病。如果溃烂部初为白色后变淡粉红色的，为果腐红粉病。如果病部表面有一层白色霉层，内部变褐色，流出的汁液散发出酸臭味的，为酸腐病。上述病原菌在果实开始发育时多会从虫伤、机械损伤等的伤口中进入并潜伏。由于果实未成熟时的抗病能力较强未表达，在果实接近成熟时，果实的抗病能力下降，则病害表达及发展。
因此，要贯彻以预防为主的措施，也就是在果实未成熟前用药进行保护。所用的保护药物可交替使用如：70%甲基硫菌灵可湿性粉剂800倍液、20%噻菌铜悬浮剂或40%氧氯化铜悬浮剂500倍液，或1：1：100波尔多液，或50%退菌特600倍液，每隔约15-20天交替喷药1次。此外，树菠萝的裂果，与施入的养分或水分供给的不均匀有很大的关系。建议增施有机肥、钙肥，提高果实表皮的韧性。在树盘注意用秸秆、杂草进行覆盖，尽量减少土壤水分的剧烈波动而造成果。如果有机肥不足，则要考虑在喷施杀菌剂的同时，加入中微量元素较全的叶面肥，例如腐殖酸康宝等。最后注意对害虫的防治，尽量减少果实上因虫伤而病菌容易进入。
