西瓜苗床管理主要包括温度、光照、通风、水分和病虫害防治等。但关键是温度和湿度的控制。前期温度(播种至出苗前)白天30℃，夜间20℃，出苗至长出心叶，白天22--25℃，夜间14--15℃，定植前7--10天，白天25--28℃，夜间15—18℃。湿度控制的方法是，晴天白天尽量加大通风量，降低苗床内湿度。如遇连阴雨天，不能放风则用于营养土加草木灰撒苗床排湿。苗期要尽量增加光照，早揭苫，晚盖苫，连阴天要用电灯光补充光明。
西瓜的苗期主要病害是猝倒病，有时发生炭疽病和枯萎病，防治方法如下：
用70％敌克松原粉子能1份掺细土500份，或65％代森锌可湿性粉剂1份掺细土800份，或1份硫酸铜10份生石灰粉掺土100份，充分拌匀后堆积起来用薄膜严闷2天再使用。
