辣椒茎基腐病病原是立枯丝核菌，属于半知菌亚门真菌。主要为害茄果类作物的茎基部及地下主、侧根，病部初呈暗褐色，后绕茎基或根茎扩展，致皮层出现腐烂（病害后期在病部常出现黑褐色大小不一的菌核），影响植株的光合产物通过韧皮部往根系输送，及影响根系对养分的吸收，令植株上部因养分供给不足造成叶片出现黄化，严重时植株上部逐渐枯死。
对该病害的预防，首先，在定植前要对土壤进行消毒，可用60%福o甲硫可湿性粉剂600倍液喷透表土。其二，在幼苗定植缓苗后再用上述杀菌药800倍液喷植株茎基部。其三，植株初发病时，可用上述杀菌药，或20%甲基立枯磷乳油1200倍液，及用77%氢氧化铜可湿性粉剂500倍液，交替每隔约5-7天进行喷洒，约用药2-3次。
