1、选择良种和无菌苗。选择高抗病品种、无病毒试管苗，如威廉斯8818，巴西、泰选香蕉。对来源不清，检疫手续不健全的蕉苗不宜引种。
2、及时清除蕉园病株。对感病的植株，及早连根挖除，远离蕉园销毁。应于每年4-5月束顶病发生季节及时清除病株。对所有蕉园包括附近丢弃的发病蕉园进行全面检查，一旦发现病株，应立即喷施10%吡虫啉可湿性粉剂或3%啶虫脒乳油800-1000倍液，或5%抗蚜威可湿性粉剂1500-2000液以灭蚜虫；随后清除病株及其球茎，就地斩碎晒干或深埋。用10-15毫克草甘膦原液或80%配制的药液注射可杀死染病蕉株，在植株离地15厘米，处假茎向基部注射杀死其地下茎的生长点，约15天后挖除枯死株，并将植穴及周围土壤翻起洒施石灰，暴晒半个月后补植新苗。
3、稀土治病。用40克稀土加醋溶解后，对水40公斤，每株半勺，从顶心慢慢往下滴灌注入蕉杆。福建云霄县水田乡蕉农采用此方法处理11株患有束顶病香蕉，10天后有7株恢复正常生长。用它防治初发现的束顶病，效果尤为明显。
4、合理水肥管理。勤施薄施微肥，合理比例施用氮、磷、钾，提高抗性和免疫力，切忌偏施氮肥。束顶病多发于香蕉生育期中的营养生长期，此时蕉株对氮磷钾的吸收比例为1∶0.22∶3.28。每月喷施1次80克稀土肥料加白米醋0.5公斤，掺水50公斤，制成混合液，3-11月每月喷1次，或采用多效唑泼施香蕉根部。同时改善土壤条件，合理供水施肥，降低发病率。3月每株施1公斤进口复合肥加上适量的锌、硼微肥，施肥沟深15厘米，宽20厘米，离兜头30厘米，成环状沟或数条放射状沟，均匀施肥，然后覆土。
5、药剂防治。在束顶病初发时，施用抗病毒剂进行防治，可选用40%克毒宝可溶性粉剂700倍液，或80%21病毒他水剂600倍液，或20%好普水剂500倍液，或3.95病毒必克湿性粉剂600倍液，每隔10天喷洒1次，视病情连续2-3次。
