柑橘被水淹后所造成的伤害，有来自地下部位及地上部位。地下部位由于土壤含水量过足，对植株根系有害的有机酸和二价铁含量则相对增加，以及土壤中的氧含量会减少，造成对根系的损害。树上部分如果涝害后随即出现暴晴的天气，则由于根系被水淹后生理活性（吸水、吸肥能力）减弱，而上部的水分蒸腾增大，容易令植株上部水分可能出现入不敷出而令叶片出现卷曲，萎蔫等现象，影响正常的光合作用。
建议向树冠适当早晚喷水，或喷施0.04ppm芸苔素内酯，或喷施微晶雌，或用1公斤石灰乳对100公斤水向叶面叶背喷施，以芸苔素内酯提高植株的抗逆能力，调节减弱植株的蒸腾；或以微晶雌封闭叶片气孔中的部分面积，减少植株上部的过量蒸腾，或以石灰稀释液中的固体微粒覆盖叶片，减少强阳光的作用。
对土壤可通过进行浅松土，增快土壤中过多水分的挥发速度（但要注意尽量不要伤根为度），以及增加土壤中的氧含量。或对土壤进行撒施熟石灰粉，一般成年树每株撒石灰粉0.25公斤，或撒熟石灰粉结合浅中土，以熟石灰粉中的钙离子对二价铁离子、铝离子等进行钝化，及以石灰粉的碱性对有机酸进行中和，以减少过多的二价铁离子及有机酸对根系的伤害。
此外，一般情况下，如果柑橘园的地下水位在退水后，离地面高度在80厘米以下的距离时，淹水一天一夜（24小时）对植株作的危害不会是很严重的。但要在淹后采取相应的措施，以将涝害减至最少。
