1、品种原因。无籽或少籽瓜易出现扁平瓜、扁头瓜；大瓜品种易出现宽肩厚皮瓜。
2、不良气候条件所致。果实发育前期遇到不良的气候条件，如低温、干旱、光照不足，后期条件改善。容易形成扁平瓜、葫芦形瓜或大肚瓜；若果实发育前期气候条件适宜，后期低温、干燥，则往往形成尖嘴瓜。
3、授粉不良。凡是授粉不良或花粉量少、花粉在柱头上分布不均匀等都会影响果实种子的形成和发育。所以，凡是种子发育良好且种子较多的部分，瓜瓤发育迅速，种子发育不良或种子很少的部分，则瓜瓤发育慢，形成扁头瓜。
4、肥水供应不当。在瓜膨大前期肥水不足。后期水肥条件改善就会形成大肚瓜；前期水肥供应充足，后期晚肥脱水，就会形成尖嘴瓜。果实局部温差偏大局部受到伤害等也会形成畸形瓜。
