皇帝柑树形采用圆头形为最佳。皇帝柑采用矮干，矮干可迅速形成树冠，有利于早结果并利于管理和操作。一般为25-40厘米，河边或水田柑园可高些。
皇帝柑的修剪时期一般在冬季和夏季修剪，采用疏剪、短截、回缩、摘心、抹芽抹梢等方法剪除病、虫、弱、残枝，疏剪使整个树冠长势平衡；短截衰弱枝，促发健壮新梢，短截徒长枝，平衡树势；回缩，更新衰老枝组复壮树势，改造树冠结构，延长结果期；摘心，控制枝梢延长生长，使枝梢生长充实，促发分枝，增加分枝级数，提早结果。
冬剪在1-2月进行，即在采果后进行。夏季修剪，夏季温高湿大，是夏梢抽发盛期，一是抹梢保果，幼年结果树及成年结果不多的树，夏梢大量抽发，由此造成幼果大量脱落，此时期尽早抹除夏梢，或从夏梢基部1-2片叶处摘除夏梢，减少落果。
