1、生物有机肥施入土层不宜过深。生物有机肥依靠其生物活性来分解有机质，其活性必须在一定的温度、湿度、透气性、有机物质的条件下才能实现。而施入太深势必影响生物肥活性。因此，生物有机肥以施在地表下10-15厘米处为宜。
2、生物有机肥施用时不宜与单一化肥混施单一化肥因其成分单一，且酸碱程度不同，如果大量施用，势必影响生物有机肥的生物活性。因此，生物有机肥最好单独施用（或根据果蔬不同生育时期加施不同配方的化肥）。
3、生物有机肥与农家肥（生鸡粪）、磷酸二铵复合肥配比要合理给果树施肥的原则是生物肥要优质，有机肥要腐熟，化肥要元素全（根据水果种类不同合理配比）。在施用时应注意，生鸡粪盐过多，磷酸二铵磷过多（18个氮、46个磷），复合肥氮、磷、钾配比为15:15:15或16:16:16或17:17:17，如果选用时，一定要先计算，再配方，后施用。
4、生物有机肥穴施更重要穴施生物有机肥，一方面可快速活跃土壤，提高土壤通透性，促进根系快速生长发育；另一方面可缓解因有机肥不腐熟、化肥没分解形成养分的空缺，及时供给根系养分，给根系一个良好的生长环境，促进团根早形成。
