1、青霉菌
青霉菌是最常见的一种杂菌。污染后在培养基上呈现小而单独的绿色粉末状。霉斑。该菌分布极广，靠空气中的分生孢子附着在未经彻底消毒而潮湿的材料上传播。
防治措施：
培养料要严格消毒；接种时要严格掌握无菌操作技术；加强通风、降温、降湿；局部污染可用5～10%石灰水冲洗。
2、木霉菌
木霉菌主要是绿色木霉或康氏木霉。依靠产生于腐烂的木材、种子、植物残体、堆肥及土壤等有机质培养料中和浮游在空气中的孢子进行传播。该菌喜酸性，温度达25～30℃，空气相对湿度80～90%时容易发生，能在3～5天内由点片发展到整个料面。
防治措施：
（1）培养料严格消毒，彻底消灭培养料中的菌丝及孢子；做好无菌操作，加强通风、降温。
（2）消毒时甲醛用量不宜过多，防止造成酸性环境。
（3）培养基上有木霉时，及时局部涂755酒精、15%漂白粉液，50%多菌灵200倍液，喷1～5%的石灰水或撒白灰粉再行挖除，后用石灰水涂抹。处理时最好将菌种袋（瓶）搬到室外，防止孢子飞散。出现木霉后，严禁任意打开瓶盖或揭开薄膜，避免蔓延。利用塑料袋制种时，培养期间不宜过多的移动。
（4）及时揭除未萌发的菌种块。
（5）菌种瓶及菌种袋的棉塞不能受潮，培养室保持干燥清洁。
（6）母种要纯正。
（7）拌料时每公斤干料加入25%（或5%）的多菌灵2克或75%的甲托1克。
3、
毛霉、根霉和曲霉毛霉
毛霉、根霉和曲霉毛霉又名长毛菌，主要发生在室内栽培菇（耳）的初期培养基上和菌种上。菌丝初期呈白色或灰白色，后转为淡黄色。菌丝稀疏、粗壮，一根根看得清楚。培养料含水量愈大，发生愈重。分解淀粉能力强，生长甚快。
防治措施：
（1）彻底消毒、灭菌，搞好无菌操作。
（2）拌料时每公斤干料加入25%（或5%）的多菌灵2克，或75%的甲基托布津1克。
4、
链孢霉菌
链孢霉菌又叫好嗜脉孢霉菌，各级菌种生产过程中都能危害。特别是当气温高，湿度大时容易发生。
防治措施：
（1）搞好环境卫生，废培养料要深埋。
（2）培养料彻底灭菌，棉塞不可受潮，受潮后及时更换。菌种瓶（袋）要无破损。
（3）接种室要彻底消毒，严格遵守无菌操作规程。
（4）地面撒石灰，必要时瓶口棉塞上也撒石灰，保持干燥。发现后及进剔除、烧毁，并用75%可湿性托布津500倍液喷洒，或每米立方米空间用10毫升甲醛熏蒸。
