营养土的结构和成分对西瓜根系和幼苗的生长有直接的影响。育苗营养土，要求肥沃疏松，营养全面，保水保肥，无病菌、虫卵和杂草种子，没有石块等硬物。为避免土壤带菌，不宜从近年内种过瓜类作物的田内取土，更不能在菜地取土。可以选用深层田土、稻田表土、风化过的河塘土，最好在冬前挖取，经冬季的晒冻风化，改良其结构后，加一定比例的有机肥。
具体的配制比例，可根据当地土质灵活掌握，最好于使用前1个月堆制腐熟，拌匀，必要时可在培养土中加入少量的化肥，但必须控制用量，并与土混合均匀，以免烧伤根系。其用量是1立方米床土加三元复合肥250克、过磷酸钙250克。必要时应进行床土消毒。常用的土壤消毒方法是：用40%福尔马林200~300毫升加水25~30千克，搅匀后洒入1立方米的营养土中，土面覆盖塑料薄膜闷2~3天充分杀菌，然后摊开待药气散发尽后使用，可有效防止苗期猝倒病。
