小麦被侵染后大多在拔节期或孕穗期开始出现症状。病斑首先出现在下部叶鞘和叶上，其次由茎秆而穗部。茎上条斑一般从第3、4节间起和穗颈节间向上下延伸，然后至穗轴而麦粒。同一植株的所有分蘖往往都表现症状。
叶部受害后，在基部小叶片上病征不显，但在2、3叶时，病证显著。先在叶鞘再到叶片呈条状。条斑多从叶基沿叶脉平行向叶尖延伸。条斑初期水渍状绿色，稍后边缘呈黄褐色至紫褐色，中心为干草黄色。一般3～4mm宽，有时也能稍宽些。每叶有1～4个条斑，一般2～3个。最后几个条斑愈合成更宽的条带，从而使叶片干枯。
茎秆罹病后，严重的多从茎基第3、4节和穗颈节间发生2～3条宽2～4mm、长达50～60cm的长条斑，罹病轻的条斑也长达１８cm。这是小麦白秆病极突出而又极明显的症状。叶鞘包被的茎秆部的条斑呈灰色或灰白色，穗颈节上的条斑可延伸至穗轴，但穗轴的节和多数茎秆的节不表现症状。茎上条斑中心出现宽２～４mm干草黄色，边缘为深褐色至紫褐色的细线所限。几个条斑愈合则呈曲型的白秆症状。
穗部罹病轻时尚显绿色，但多受茎秆罹病严重的影响而使小穗和芒早期变成干黄，以致种子发育停止而成皱缩瘪粒。罹病重者穗花而不实，呈灰褐色，早期干枯，芒变弯曲，后期穗似成熟但直立田间而不下垂。
