1、对种植场地环境的处理：1）清洁环境，在菇棚四周开排水沟，及时排除积水；2）在菇棚四周和栽培床架上撒生石灰、喷洒“多菌灵”或“托布津”进行消毒，预防各类病虫害的发生。
2、对受淹原材料的处理：1）天气晴朗后，及时进行摊晾、嚗晒；2）或加入3%~5%的石灰进行堆置发酵，发酵结束后再晒干备用。
3、对受淹菌包的处理：1）已污染菌包，要及时进行处理，把污染菌包搬运至离种植场地至少500米的地方进行销毁或掩埋；2）正在出菇的菌包，先把菌包内的积水倒净，然后进行散堆，加强通风，待菌丝恢复后再进行出菇管理；3）正在发菌的菌包受淹后，可采取再次灭菌，重新接入菌种再培养（考虑到季节因素，也可接入其它菌种）.
