首先，因为黄瓜和番茄生长所需要的气候不同。黄瓜在32℃-37℃和80%-85%髙湿的条件下生长良好，空气干燥时黄瓜生长速度缓慢，产量下降；番茄在22℃-26℃的中温和40%-45%较低的空气湿度条件下生长良好，温度过高，生长受抑，高温髙湿则易导致其徒长和发生病害。再者，两个作物都需要较高的光照强度，旺长期会互相遮光。低光照下番茄植株徒长会落花落果，影响黄瓜植株的光合作用，造成减产。
其次，因为两者根系深浅不同，中耕浇水不便。黄瓜根系浅，吸水能力弱，要求经常浇水使土壤保持湿润，而番茄根系较深，耐旱，可吸收土壤深层的水分。同时，番茄要求经常中耕，促使其发生新根和促使根系下移，而中耕会伤害处于土壤浅层的黄瓜根系，黄瓜根系的再生能力很弱，受伤后不易产生新根。更为重要的还有，黄瓜和番茄的根系分泌物相互抑制，不宜间作种植。
最后，两者的病害相互传播，间作有害无益。黄瓜和番茄有灰霉病、疫病、病毒病等共同病害。同棚种植在一起，会通过蚜虫在二者之间迅速传播，导致蔬菜产量降低，品质下降，乃至绝收。
