甘蔗黑穗病属真菌性病害，感病蔗种萌发较早，蔗株生长纤弱，节间较短。宿根蔗、分蘖茎和干旱、瘦瘠而管理差的蔗田发病较多。高温高湿，雨季或蔗田积水为本病发生的有利条件。要做到有效防治甘蔗黑穗病，种苗选择最关键。
1、种苗选择：选择抗病品种，在无病甘蔗种植区选种，选用健壮蔗苗、梢头苗作种苗。
2、种苗消毒：用0.5%甲氧乙氯汞浸种5分钟，或用50-52°C温水浸种20分钟；也可将种苗剥荚后用2%石灰水浸种12小时。
3、施足基肥：亩施腐熟的有机肥1500公斤，甘蔗专用肥40公斤配合使用.适当增施磷钾肥以促使甘蔗早生快发；早施提苗肥增强植株抗性。
4、病株处理：发现病株及时拔除并集中烧毁；实行轮作，发病区不留宿根。
5、不在发病区采苗。
