冬季外界温度不断降低，棚菜根系活动随温度下降而减弱，低温时施用菌肥，有利于根系生长，但应注意以下几点：
一是调节土壤酸碱度，酸碱值在6.5-7.5之间最适合生物菌生存，目前大棚土壤因使用复合肥过多，棚土酸碱度失衡，因此施用生物菌肥前应注意调节土壤的酸碱度。
二是提高土壤温度。生物菌在土壤温度达到18-25℃时生命活力最旺盛，因此，冬季棚菜施用菌肥应注意提高棚温，夜间可覆盖地膜、稻草等物来保持地温。
三是土壤湿度要合理。菌肥对土壤干湿度要求严格，棚室内浇水应以小水为主，使土壤保持适宜的湿度和通透性，有利于菌肥生长繁殖。
四是生物菌肥不能与杀菌剂农药、草木灰、碳铵等混合施用。另外，生物菌肥不是速效肥，显效期在施用后7天出现，应用时与有机肥混合施用，对棚菜生长的效果更好。
