芝麻播种时节常是降雨量比较多的季节，在没有施用除草剂的大田里，常常杂草丛生，青枯病、茎点枯病、枯萎病和疫病等芝麻病害也会相继发生。草害与病害极易导致芝麻大幅度减产，要及时做好预防工作。
对于芝麻的田间杂草，可选用多种除草剂喷施。可在播种前5～7天，每亩用48%氟乐灵乳油100～150毫升，对水50公斤施于土表，随即耙土翻埋，混土后再播种；也可用48%拉索乳油，每亩150～200毫升对水75～100公斤，于芝麻播种之后出苗之前喷于土表层；也可用50%乙草胺乳油70～80毫升，对水75～80公斤喷施；还可用10.8%盖草能乳油25～30毫升，对水15～20公斤于芝麻出苗之后杂草3～4片叶时喷施。
对于芝麻病害的防治，可以在芝麻出苗后用1∶1∶100倍波尔多液或0.1的硫酸铜液喷施；也可以在芝麻发病初期用70%代森锰锌可湿性粉剂800倍液；也可以用58%甲霜灵锰锌可湿性粉剂500～600倍液；也可用40%多菌灵或70%甲基托布津可湿性粉剂500～800倍液；也可用40%乙磷铝可湿性粉剂300倍液，喷施1～2次。
