立秋前后当地上茎枯黄，开始落花、落叶即可以采收。采收时要避免损伤鳞茎。收获后立即除去根、土、及茎秆，运至室内，切忌在阳光下暴晒，以免外层鳞片干燥和变色。影响商品质量。
贮藏方法可以在地面上铺一层湿土或湿沙，厚6-7厘米，然后将磷茎放在上面，在盖一层土。这样一层百合一层土，可堆至1-1.5米高，宽度1米左右，四周用草席或薄膜覆盖，可贮藏至次年2-3月。冬季不太严寒、土地冬闲的地区亦可根据市场需要陆续采收。
百合干可以长期保存不会变质。方法是将百合鳞片剥下、洗净、除去水分，进行“烫漂”，即将鳞片投入沸水中，并不断搅动，使烫漂均匀一致，5分钟后捞出，放入冷水中冷却，最后置于竹帘或草席上暴晒。如遇天阴下雨应用火炕干燥或干燥箱内烘干，温度控制在60度以下，温度超高，失水越快，但温度过高则容易发生焦化变褐；反之温度低，干燥时间长，容易氧化或发霉变质。干燥后应回软，在进行包装，堆放于阴凉通风处，如遇回潮应及时风干。
