莲藕的茎为地下茎，横生于土中，栽培时多用种藕作播种材料。种藕顶端有个顶芽、个叶芽和个较小的副芽，节上有鳞片和侧芽。栽植后，顶芽和侧芽均可萌发成细长的鞭状根茎，又称藕鞭或莲鞭。莲鞭有主鞭和侧鞭之分，主鞭由多节组成，每节长度不一，初生的短，后生的长。主鞭节部抽生分枝，即侧鞭，侧鞭节部还可以二次分生，每支种藕能生莲鞭十几条或更多，从而形成一个庞大的植株。
藕是由莲鞭先端膨大而形成的。主鞭先端几节形成的新藕，叫“主藕”、“亲藕”或“母藕”。主藕一般3~7节，多的可达8~9节以上，每节长10~30厘米，横径在5~15厘米，节部溢缩，使每节呈圆筒形或椭圆形等。藕最前一节较粗短，称为“藕头”藕头的前面（先端）有顶芽（主芽），和叶芽（叶苫）；最后一节细而长，称为“后把节”；中间各节较长而肥大，称为“藕身”，也称“中节”。在主藕的节间部分生的藕鞭膨大而形成的藕，称之为“子藕”，子藕一般2~4节，子藕的节数、大小与生长在主藕的部位有关，主藕先端的子藕小，节数也少，甚至只有节，愈向后部，子藕愈大，节数也愈多。子藕的节部分生的莲鞭膨大而形成的藕，称之为“孙藕”，“孙藕”较小，只有1~2节，支主藕上着生子藕和孙藕齐全的藕，称之为“全藕”或“整藕”。
藕的皮色为白色或黄白色，其上多散生有淡褐色的皮点。藕中有细丝和孔道。细丝在藕折断后仍不断，所以有“藕断丝连”之说。孔道纵直多个，并与莲鞭、叶柄中的孔道相通，进而经荷叶中心的叶脐相接，进行气体交换。
