2004年，湘北地区辣椒育苗期间遭受了多年来罕见的长期低温阴雨天气，有的育苗户由于苗期管理不到位，导致辣椒苗损失在70%以上。现将辣椒育苗的常见问题介绍如下：
不出苗播种后经过一定时间（冷床15天左右、温床8天左右）仍不出苗。应检查种子，如种胚呈白色且有生气，则可能是由于苗床条件不适造成不出苗，对温度低的要设法提高床温，对床土过干的要适当浇水，对床土过湿的要设法排渍。若种子已死亡，应及时重播。
出苗不齐表现出苗时间不一致和出苗稀密不一致。播种技术和苗床管理不到位是造成出苗不整齐的重要原因。应选用发芽率高、发芽势强的种子播种，床面应平整，做到播种均匀，播后用细孔壶浇水。出苗不一致时，对出苗早、苗较高的地方适当控水，晴天对出苗迟的地方增加浇水次数。
焦芽辣椒种子在萌芽阶段易发生焦芽。若床温过高（温度在35℃以上），尤其是床温高、床土又较干燥时，胚根和胚芽易烧坏，产生焦芽。应保持床土湿润，晴天中午前后床温过高时，应立即在玻璃窗或拱棚上盖草帘遮阳降温。
顶壳顶壳是指秧苗带着种皮出土的现象。原因是床土湿度低或盖籽土太薄。应浇足底水，出苗期间也要保持床土湿润。若遇阴雨天气，可在床面撒一薄层湿润细土。发育不充实或感染病的种子也易造成顶壳，要选用健壮饱满种子。
秧苗徒长徒长苗往往茎长、节稀、叶薄、色淡，组织柔嫩，须根少。原因是光照不足，床温过高，以及氮肥和水分过多。要改善苗床光照条件，增施磷钾肥，适度控制水分，加强通风。育苗过程中，秧苗刚出土的一段时间容易徒长，易出现“软化苗”或“高脚苗”。防止方法是播种要稀，要均匀，及时揭去土面覆盖物：基本出齐苗后降低苗床的温度和湿度，早间苗，稀留苗。另一个容易徒长的时期是在定植之前。昼夜应揭去覆盖物，白天加强光照，降低床温，将苗钵排稀或切块囤苗，还可用高产宝500倍液喷1次。多喷几次1∶1∶200倍的波尔多液，有很好的防病、壮苗，防徒长效果。
秧苗老化当秧苗生长发育受到过分抑制时，常成为老化的僵苗。这种苗矮小、茎细、节密、叶小、根少，定植后也不容易发棵，常落花落果，产量低。造成秧苗老化的主要原因是床土过干、床温过低，或床土中养分缺乏。苗期水分管理中，怕秧苗徒长而过分控制水分，容易造成僵苗。用苗钵育苗的，因地下水被钵隔断，钵土容易干燥，若浇水不及时，不足量，最容易造成僵苗。
发生冻害当床温下降到秧苗能够忍耐的下限温度时，就会发生冻害。轻微的冻害在形态上没有特殊表现，受害重时苗的顶部嫩梢和嫩叶上常出现坏死的白斑或淡黄色褐色斑。严重时秧苗大部分叶片和茎呈现水渍状，以后慢慢干枯而死。育苗期间，突然来寒流，温度骤然降低很多，秧苗易受冻害。如果温度是缓慢降低，则不易结冰受冻。如果温度不太低，但低温持续时间很长，特别是低温与阴雨天气相伴随――这种情况叫“湿冷”，秧苗也很容易发生冻害。秧苗受冻害的轻重，还与低温过后气温回升的快慢有关。若气温缓慢加升，秧苗解冻也慢，易恢复生命活力。如果升温和解冻太快，秧苗的细胞组织易脱水干枯，造成死苗。防止冻害的方法有：①改进育苗方法。利用人工控温育苗方法，如电热温床和工厂化育苗等，是解决秧苗受冻问题的根本措施。②增强秧苗抗寒力。低温寒流来临之前，应尽量揭去覆盖物，让苗多照光和接受锻炼。在连续低温阴雨期间，要尽可能揭掉草帘，每天至少有一二小时让苗照到阳光。雨雪停后猛然转晴时，中午前后要在苗床上盖几块草帘，避免秧苗失水萎蔫。若床内湿度大，秧苗易受冻害，因此寒潮降临之前要控制苗床浇水。床内过湿的可撒一层干草木灰。③合理施肥。增施磷钾肥，苗期使用抗寒剂。秧苗喷布0.5%～1%的红糖水或葡萄糖水，可增强抗寒力。三四叶期喷施0.5%的氯化钙溶液2次（每次间隔7天），可增强秧苗抗寒性。④保温防冻。寒潮期间要严密覆盖苗床。进行短时间通风换气时，要防止冷风直接吹入床内伤苗。夜晚要加盖干燥的草帘。下雪天停雪后，及时将雪清除出育苗场地。
