1、茎基腐病
是巴戟天发生最严重的一种毁灭性病害。在巴戟天各个发育阶段均可发生，多在种植后2~3年的植株上大量发生。病菌在10月下旬开始侵入巴戟天茎基部，近地面3~5厘米处开始发病，出现白色斑点，茎皮多纵裂，植株逐渐萎黄，叶片脱落，甚至死亡。
防治方法：
1、选择与野生巴戟天相似的生态环境进行种植，生长期间加强田间管理。
2、施肥以火烧土、土杂肥经过沤熟后施用，加适量过磷酸钙，调节土壤酸碱度。
3、春秋季拔草，夏季用草遮阴，保护根茎皮层不受损伤，多雨季节及时排水。
4、发现病株连根带土挖掉，并在坑内撒石灰，可用1：3的石灰与草木灰施入根部，或用1：2：100的波尔多液喷洒，每隔7~10天喷1次，连续2~3次。
2、轮纹病
主要为害巴戟天叶片，受害部分开始出现淡黄色晕圈，后由褐色变暗褐色，随后病斑不断形成轮纹斑，严重时叶片枯黄脱落。
防治方法：可用1：2：100的波尔多液喷洒，每隔7~10天喷1次，连续2~3次。
3、烟煤病
主要为害巴戟天叶、嫩枝和果，病株上形成黑色霉层，严重时可以使整株枯萎。
防治方法：用25%多菌灵可湿性粉剂800倍液喷雾，每隔7~10天喷1次，连续2~3次。
4、根结线虫
发病较为普遍，巴戟天植株受害后出现早衰和畸形，严重者顶端枯萎，叶脱落而死亡。巴戟天根部受害后，主根和侧根上形成大小不等的圆形瘤状物，使根部组织突变增生为一个根结（虫瘿）。
防治方法：
1、宜选生荒地种植，忌在熟地、育苗地连作。
2、加强苗木检疫。
3、用15%澄清石灰水淋病根处，为害严重时拔除病株烧毁，用浓石灰水或石灰粉灌、撒病穴。
5、紫纹羽病
巴戟天受害后根表面呈紫色，当被深紫色短绒状菌丝体所包围时皮层即腐烂，极易剥落。
防治方法：
1、引种健康苗木，栽植地注意排水。
2、发现病株及时挖出并烧毁，病株周围土壤用20%石灰水浇灌消毒。
3、对新垦地要清除树根和枯枝落叶等杂物。
