龙眼砧木是采用本砧，即生产性龙眼。龙眼品种间亲和力差异不大，几乎所有能发芽的种子都可用于培育砧木。但以大而饱满的种子发芽率高，生长好，可速生快长，嫁接成活率亦高。福建的福眼、赤壳、水涨、乌龙岭、油潭本、大鼻龙，广东的乌圆，广西的广眼等品种的种子较大，用于培育砧木较好；广东的石硖等品种的种子较小，播种后生长较慢，长势较弱，不宜用于培养砧木。目前，龙眼种子多来自罐头厂。
南方秋季温度较高，龙眼种子极易丧失发芽能力。为此，从果实中取出种子后，应立即用清水漂洗，剔除果壳等杂物和种脐上的果肉，然后立即播种。若种子来自罐头厂，可混少量细沙，并用脚踏摩擦，除去种脐上附着的果肉，漂洗，过筛去劣。然后将种子与沙按1∶2～3的比例混合，堆积催芽，堆积厚度以20～40厘米为宜，保持细沙含水量约5%。龙眼砧木种子采用细沙催芽，发芽率可达95%，而不催芽的发芽率仅为60%～75%。用细沙催芽，要注意细沙的含水量。含水量太高，易引起发霉、烂芽。催芽的温度以25℃为宜，30℃以上发芽率大大降低，33℃以上则丧失发芽力。当胚根长至0.5厘米时即可拣出播种，每隔2天拣1次。平时应注意喷水补充沙堆中的水分。如果采种后不能马上播种，可与含水量1%～2%的沙混合贮藏于阴凉的地方，但最多只能保存15～20天。新鲜的种子切忌堆闷和暴晒，否则会引起种胚败坏或种子失水，降低发芽率。
近年来福建省莆田果农采用浸水催芽的方法，即将洗净的种子直接装在袋中，在水中漂洗36小时左右，待大多数种子脐部裂口露白后播种。
