马铃薯块茎一般含有75%以上的水份，在贮藏过程中极易遭受病菌侵染而腐烂，对温度、湿度等环境条件比较严格。
马铃薯块茎收获后，先经风吹或晾干10天以后，再根据马铃薯不同用途，采用不同贮藏方法。
1、种薯贮藏
种薯要求低温贮藏，研究结果证明，以1-3摄氏度的温度贮藏的种薯产量最高。
高海拔地区马铃薯一般在7月下旬收获，立秋后温度下降较快。在低温条件下，块茎休眠期相应延长，一般不存在年前萌芽的问题，是一种自然低温贮藏方法，当气温低于0摄氏度时，应考虑保温防种薯凌坏。
2、食用薯贮藏
对食用薯贮藏的要求是块茎表皮不变绿，不发芽，不失水，不皱缩，保持新鲜饱满，外观好，必须做到以下措施。
（1）采用黑暗贮藏。块茎受到光线照射，块茎表皮变绿，龙葵素升高，影响品质。
（2）控制温湿度。温度10摄氏度左右，相对湿度大于85%能推迟马铃薯发芽。
（3）使用抑芽剂
马铃薯贮藏期间可采用对人畜安全的抑芽剂a—萘乙酸甲脂和苯氨基甲酸异丙酯进行抑芽处理。
