蘑菇出菇阶段常会出现小菇萎缩、变黄而死亡，主要原因有如下几个方面：
1、持续高温。出菇阶段气温高于23℃连续3天以上，菌蕾生长受到了温度的抑制，有利于菌丝的生长发育，从而使营养产生逆向输送，导致菌蕾既无营养也无水分而死亡。因此，出菇以后仍需有抗高温的准备，如采用南面搭阴棚，菇房屋面喷水，或用冰块降温以及适当推迟堆料，避开高温等措施。
2、养分不足。培养料没有足够营养供给，如堆料中氮源不足，特别是缺少粪肥，碳氮比失调，堆积培养料嫌氧发酵，培养料薄而少，营养不足，或秋菇养分已耗尽致使春菇夭折。因此，要求优质料、发好酵、翻好料，提倡厚料栽培等以提供充足的养分。
3、菇房或菇棚通风不良。菇房郁闷，长时间通风不良，特别是出菇阶段，子实体代谢旺盛，如关窗调水引起高温高湿使大批子实体死亡。
4、水分管理不当。子实体不同的生长发育期对水分的要求是不同的。菌层缺水、覆土层没有足够的水分供应也会造成幼蕾死亡，或用水不清洁、长期喷过头水也会引起死亡。
5、渗透压太高。多次用食盐水会增加渗透压，使菌蕾失去水分而死亡。
6、虫害孳生危害严重时会吃光菌丝，使菌蕾成批死亡。
7、滥用农药。出菇期间使用农药，须按要求稀释正确。随意增加农药浓度会产生药害，禁止使用含有石化类乳化剂的农药。
