一、巴戟天采收
巴戟天一般种植5年才能收获。过早收获，根不够老熟，产量、质量都不符合要求（三次根尚未形成，肉浅紫且薄），而超过7年又因藤蔓缓慢生长限制了根部的生长。巴戟天全年均可进行收获，但以秋冬季采收者为佳，挖取肉质根时避免断根和伤根皮，起挖后随即抖去泥土。
二、初加工
采收的巴戟天去掉侧根及芦头，晒至六七成干，待根质柔软时，用木锤轻轻捶扁，但切勿打烂或使皮肉碎裂，按商品要求剪成10~12厘米的短节，再按粗细分级后分别晒至足干，即成商品。老产区常用开水泡烫或蒸约半小时后抽心，晒干，则色更紫、质更软、品质更好。用锤子、木棒轻轻敲打巴戟天皮部，趁热抽出木心，或用剁刀式切药机除去木心，效果较好。
