造成嫁接黄瓜死棵的原因很多，除去肥水供给不当、棚室环境调控不当等因素外，病菌侵染和根结线虫为害是造成黄瓜死棵的重要原因，特别是拟茎点霉根腐病、腐皮镰孢根腐病、疫霉根腐病、枯萎病、蔓枯病和细菌性软腐病等引发的根茎部病变，更是造成嫁接黄瓜死棵病因的重点。
拟茎点霉根腐病诊断要点：一是嫁接苗属于黑籽南瓜部分近地面的茎基部出现水浸状变褐腐败，致使全株死亡；二是茎基部不出现水浸和腐败症状，南瓜和黄瓜的维管束也不变褐，掘取根部可见细根基部变褐腐烂，主根和支根的一部分也出现浅褐色至褐色，严重时根部全部变深褐色，后细根基部全部发生纵裂。
蔓枯病诊断要点：多发生在嫁接口以上的黄瓜茎蔓上，病斑梭形或长条状，并有琥珀色胶状物出现，后期茎表面变白、干枯。
腐皮镰孢根腐病诊断要点：一是地下茎基部腐烂，缢缩不明显；二是茎基部导管变褐色；三是茎基部后期导管变褐色，但不向上发展，即地上部茎的导管不变色。
疫霉根腐病诊断要点：发病初期茎基部呈水烫状，后病部变褐缢缩，并向地下根部发展。
细菌性软腐病诊断要点：多发生在嫁接口附近，发病后茎干表面呈现湿乎乎、黏乎乎、臭哄哄的症状。
根结线虫病：易诊断，主根和侧根萎缩、畸形，上面形成大小不等瘤状虫瘿，呈白色串状。
另外，对于黄瓜断根不彻底，再生根入土的嫁接黄瓜，还易感染枯萎病而造成死棵。其诊断要点：多从根尖染病，多在开花结果后期发病；病株主蔓基部纵裂，纵切病茎，可见维管束变褐；茎基部、节和节间出现黄褐色条斑，常有黄色胶状物流出，潮湿时病部表面产生白色至粉红色霉层。
在上述病害中，拟茎点霉菌根腐病、蔓枯病和根结线虫病为害为重。
预防嫁接黄瓜死棵，要采取综合措施。更换砧木结合穴施生物菌肥或药剂是预防嫁接黄瓜死棵必不可少的措施。
用白籽南瓜代替黑籽南瓜，提高植株自身的抗病能力；穴施生物菌肥或药剂，重点保护根系，减少病菌侵染的几率。若预防线虫，还可再加入福气多、沃尔沃等杀线药剂。
