玉米秃尖缺粒发生的原因主要与品种、土壤、营养与肥水、气候、栽培管理、病虫害发生的严重程度密切相关。
1.品种因素：由于不同品种对外界环境的适应能力及对不良环境的抵抗能力不同，当不良的外界环境条件超过了品种的适应范围，就易发生秃尖缺粒。
2.土壤因素：沙性土壤盐分较高，低洼易涝，耕作层过浅，蓄水保肥能力差，瘠薄的土壤，秃尖缺粒发生较重。
3.营养因素：氮磷钾配合不当，不施或少施有机肥和微肥，尤其是土壤中磷肥、硼肥不足；或玉米生育中后期，水分供应不足，尤其是玉米开花灌浆期缺水脱肥，影响有机质的制造与运转，使玉米吐丝较晚，田间花粉减少，花粉、花丝寿命缩短，致使玉米秃尖缺粒。
4.气候因素：玉米生育中期连续干旱，造成多次卷叶，或开花时遇高温干燥天气，土壤水分供应不足，影响了玉米雌雄穗的发育；或玉米散粉时阴雨连绵，影响了正常的开花授粉；或授粉时天气无风授粉不良，都可造成秃尖缺粒。
5.管理因素：管理粗放，或种植密度过大，致使田间通风透光不良，光照不足，植株光合作用减弱，有机质合成减少，影响了玉米雌雄穗的发育，造成秃尖缺粒。
6.病虫害因素：玉米各种病害的发生，都可影响玉米正常的生长发育，致使玉米生长不良，尤其是玉米蚜虫在玉米抽雄时开始大量发生，致使玉米不能正常地开花授粉，造成秃尖缺粒。
