目前温室草莓栽培普遍进入拉秧阶段，拉秧后草莓植株病残处理极为重要。病残体既是草莓病虫害发生的初始来源，又是主要传播途径，因此生产结束后，应及时、妥善处理病残体上的大量病虫害，控制其源头。
一般常见的病残体无害化处理方法有：菌肥发酵堆沤、太阳能高温堆沤、太阳能臭氧无害处理、臭氧无害就地处理等。由于臭氧无害处理成本较高，而太阳能高温堆沤时间长且易受天气影响，因此菌肥发酵堆沤被广大种植户广泛采用，其具体措施如下：
1、将草莓植株病残体带出温室，在堆沤区切碎到1～5cm左右适当晾晒，使其含水量达到60～65%。
2、将菌肥均匀的撒在料堆上，边翻，边撒，促进接种。
3、总水分调整到60～65%。注意：水分少会影响发酵速度，而水分过多则影响肥料通气性，严重时会产生腐败菌而产生臭气。
4、堆料规格为长堆型，一般高1.5m，宽2m，长3m以上，若堆高过矮则不利于发酵。
5、加盖翻倒。在堆料上加盖透气性覆盖物，保证堆料遮光、避雨、通气。一般在3天左右可达到75℃，翻倒一次，之后2～3后再翻倒一次，10天后开始降温，12天时温度维持在30～40℃时完成发酵。若12天堆料温度仍在50℃以上应延长发酵时间，加大通气。
