常见病虫害：樱桃番茄移栽前后的病害主要是早疫病和叶霉病。早疫病可选用50%农利灵湿性粉剂或65%多果定可湿性粉剂1000倍液，58%甲霜灵锰锌可湿性粉剂、64%杀毒矾M8可湿性粉剂500倍液进行喷雾防治。叶霉病初见病后及时摘除病叶，喷洒药液全面防治，要注意叶背面的防治，可用60%防霉宝超微粉剂600倍夜、50%多菌灵可湿性粉剂500倍液、70%甲基托布津可湿性粉剂800～1000倍液、40%福星乳油6000～8000倍液、47%加瑞农可湿性粉剂600-800倍液等，每7-8天一次，连喷2-3次。
另外猝倒病是苗期的主要病害，症状是幼苗期基部水渍状病斑，变细整棵苗倒伏。可以用25%瑞毒霉可湿性粉剂500～800倍液、64%杀毒矾M8可湿性粉剂500-600倍液、75%百菌清可湿性粉剂600倍液，每5-8天喷洒一次，连喷2-3次。
常见生理病害：在生长过程中若管理不好樱桃番茄容易出现一些生理病害。一是缺钙。全株萎病，幼芽变小黄化；生长点干枯变褐；果实脐腐。最实用的方法是下基肥时施用石灰或在生长期用0.3-0.5%的氯化钙叶面喷施。二是缺硼。新叶生长停心；茎弯曲，弯曲的表面呈褐色有木栓裂开之现象；叶色浓绿。可在种植前下基肥时施硼砂或叶面喷0.3-0.5%硼砂溶液。三是空心果。果实外观有肋状凸起造成果面有深深的凹陷；生长势虽好但果形状并不好。防治方法是开花时避免使用激素处理，而且不要使植株营养生长过于旺盛
