一、木瓜苗圃地选择
木瓜苗期更怕低温霜冻且更忌积水。为预防木瓜环斑花叶病，应在远离旧木瓜园0.5~1千米的地方育苗。因此，苗圃宜选择地势稍高、冷空气不易下沉积聚、背北向南、阳光充足和排水良好的地方作育苗园地。在育苗前彻底清除周围木瓜环斑花叶病病株并烧毁，以防传染。如果采用容器营养土育苗，故一般园地、房屋前后的水泥地、空旷地均可，并尽可能与葫芦科作物间隔一定距离。
二、木瓜育苗容器及营养土的准备
为培育矮壮木瓜苗并能早种植、不伤根、成活率高和生长快，耕种帮种植网建议用容器盛营养土育苗。常用的容器为黑色或白色塑料袋，直径12厘米，高16~18厘米，底部开2~4个直径约1厘米的小孔以利排水。
木瓜育苗营养土选用较肥沃的砂壤土、充分腐熟的基肥和磷肥搅拌而成，基肥约占5%，过磷酸钙约占1%。营养土满袋装后，紧靠排列不超过1米宽，长度依场地而定，但亦不超过20米为妥，以便于管理。四周围填泥土保湿。
三、木瓜种子处理及催芽
不论是新鲜的还是贮藏的木瓜种子，木瓜播种育苗前均需消毒、浸种和催芽，以消除附着种子表面的病菌，提高发芽率和发芽势。
耕种帮种植网建议木瓜播前种子处理一般用70%甲基托布津500倍液消毒20分钟后洗净，再用碳酸氢钠（小苏打）100倍液浸种4~5小时，洗净后用清水浸种20~24小时，让种子充分吸满水分。木瓜发芽的条件是充足的水分和通气以及高温。让种子充分吸水是发芽的重要条件，但浸种时间太长，氧气缺乏对种子发芽不宜。因此，要根据种子大小和水温决定浸种时间长短。
木瓜种子在浸种、充分吸满水后，用洁净的湿毛巾或棉纱布包妥，放于35~37℃的恒温箱中催芽，也可用自制灯箱、用电灯泡提高箱内温度催芽。每天翻拌及湿水1次，待种壳裂开露出白点便可播种。木瓜种子经浸种催芽后播种，发芽率高且出苗整齐，否则先后发芽间期可达1个月以上。木瓜种子浸种后亦可不经催芽直接播种，但用种子量较多，发芽时间较长且不齐整。同时用温水浸种，消毒效果也好。
四、木瓜种子播种时间和方法
木瓜播种时期依种植时期而定。如广州等地为减轻木瓜环斑花叶病危害的损失，多采用春植、当年完成一个生产周期的方法。在有寒害、不能带果越冬地区，仅能春植、当年完成一个生产周期，则秋冬播种，10月至11月中旬播种最为适宜。在海南等可以生产冬、春果地区，夏或秋植均可，则播种时期很宽。在台湾，栽培优质小果型木瓜习惯小苗种植，苗高仅10厘米左右便种植，种苗生长期短，可依种植期安排播种期。在台湾中部和南部2~3月春播或9~11月秋播为多。
木瓜种子经消毒、浸种和催芽后便可播种。播种前2~3天，对预先准备好的容器营养土淋透水。在播种时先将表土疏松，每容器播下1~2粒种子，盖上腐熟有机质肥混合细土，厚度以种子大小的1倍为妥，不宜太厚。淋水后再用薄膜覆盖，以保持土壤湿润。
