辣椒出苗前，苗床温度保持在28℃～30℃，高于30℃要遮阳降温，低于16℃可加盖草苫保温。出苗后，白天温度保持在25℃～27℃，晚上温度保持在16℃～20℃。分苗前5～7天降温锻炼秧苗，白天温度保持在20℃～25℃，晚上温度保持在15℃～18℃。苗期一般不用浇水，如土壤干旱，可在上午喷灌。辣椒幼苗出齐至2片真叶时，可结合除草进行间苗，拔除细、弱、密、并生的苗，苗距保持在2～3厘米。
待幼苗长出3～4片真叶时，应及时分苗。分苗床应建在日光温室内，分苗畦要求与育苗床相同。分苗时株行距为10厘米×10厘米，每穴放单苗或双苗。放双苗时，两苗的间距为2厘米。分苗后立即浇水、覆土，并覆盖塑料薄膜保温。
分苗初期，白天温度保持在25℃～29℃，晚上温度保持在15℃～18℃。定植前5～7天降温以锻炼秧苗，白天温度保持在20℃～25℃，晚上温度保持在14℃～16℃。
定植前7～10天将苗床浇透水，待水渗下后，用长刀在秧苗的株、行间切块，入土深10厘米，使秧苗在土块中间。切块后不再浇水(如土壤过干，可覆细土)，使土块变硬，以利定植时带土坨起苗。定植前，苗床要喷药防治病虫害。
幼苗出土到第一片真叶顶心为子苗期。
这一阶段胚轴(子叶以下的幼茎)最易徒长，形成长脖苗。为了限制胚轴徒长，促进子叶肥大，辣椒播种出齐后，马上把气温降下来，白天22—25℃，夜间14—18℃。苗期猝倒病也会因为温湿度适宜而发病，所以除了降温，还要降低湿度。方法是待苗出齐后，在苗床上撒些细干土，可起到保墒、降湿的作用。在子苗期严禁浇大水，要尽量延长光照时间，促进秧苗健壮。
小苗期地上部生长量不大，但根系发育较快，所以小苗期必需满足根系发育的条件，尽量增加光照强度和延长光照时间，提高地温。控制灌水，防止地温下降。
3片真叶以后到定植为成苗期。
成苗期生长量逐渐加大，根系发育旺盛，花芽及侧枝陆续分化，移苗缓苗后温度要降下来。特别是降低夜温有利于培育壮苗，提高花芽质量。成苗期的水分要充足。如果这个阶段控水蹲苗，就会形成老化苗。成苗期要根据天气情况适当灌水，灌水后放风、松土，如果营养不足(可观察苗情)，适当进行追肥。要尽量改善光照条件，经常保持薄膜清洁。此期的防风管理也非常重要，要经常轮换防风口，促进秧苗整齐一致，健壮生长。
